Comment faire une analyse du microbiote ? Et comment faciliter son analyse ?

Qu’est-ce que le microbiote ?

Le mot microbiote est constitué de deux mots : micro qui renvoie à l’échelle de mesure du micromètre (1 m = 10-6 m) donc à un élément microscopique, et biota qui signifie un ensemble d’organismes. Nous pouvons donc définir le microbiote comme un ensemble de microorganismes vivant en communauté, ces microorganismes étant composés des bactéries, virus, parasites, champignons…

Pour un être humain d’une taille moyenne de 1,70 m et de 70 kg, le microbiote peut représenter jusqu’à 5 kg. Il peut se retrouver dans toutes les zones du corps humain (bouche, peau, parties génitales…) mais c’est dans le tractus intestinal qu’il est développé de manière la plus importante et la plus diversifiée. Pour chaque individu, nous pouvons retrouver plus de 160 espèces microbiennes différentes et seulement la moitié n’est partagée qu’entre deux individus. Ce qui veut dire que chacun à son propre microbiote.

Le microbiote intestinal intervient dans des fonctions essentielles au niveau de la digestion, du métabolisme, de l’immunité et de la neurologie de l’individu. Il participe ainsi à la protection de l’individu face à des attaques pathogènes, à l’assimilation des nutriments et la synthèse de vitamines. Parmi l’ensemble des microorganismes, seulement entre 15 et 20 espèces sont en charge des fonctions essentielles du microbiote.

 

Qu’est-ce qu’un microbiote malade ?

Le microbiote intestinal peut être altéré au cours de la vie, cela est appelé une dysbiose. Cette altération est liée à un déséquilibre des populations microbiennes qui constituent le microbiote : certaines disparaissent alors que d’autres deviennent majoritaires. La diversité du microbiote peut aussi se réduire ne laissant place qu’à quelques familles de microorganismes ne pouvant plus assurer les fonctions essentielles de l’organisme.

Les raisons de ses altérations sont multifactorielles mais nous pouvons retenir plusieurs facteurs environnementaux comme les changements des modes de vies (sédentarité, alimentation industrielle…) ou la prise d’antibiotiques à répétition tuant les microorganismes constituant le microbiote qui a ensuite du mal à se reconstituer. Des facteurs génétiques peuvent aussi entrer en jeu.

La perturbation du microbiote intestinal est  une comorbidité des troubles neuropsychiatriques et neurodéveloppementales ( autisme ou Alzheimer), de l’obésité, du diabète ou des maladies intestinales chroniques inflammatoires (maladie de Crohn).

 

Comment faciliter l’analyse du microbiote ?

L’analyse microbiologique du microbiote est donc une étape importante et de plus en plus développée dans les laboratoires d’analyses médicales pour déterminer la qualité du microbiote intestinal et adapter les traitements permettant de guérir de ces dysbioses.

 

LABELIANS propose une gamme complète de produits qui s’inscrivent parfaitement dans le protocole de préparation de l’analyse du microbiote intestinal :

  • Etape 1 : collecte des échantillons avec la gamme RollBag :

La collecte de l’échantillon est une étape importante de l’analyse. La gamme RollBag garantit l’intégrité de la collecte de fèces ainsi que la manipulation en condition stérile lors de l’analyse permettant par conséquent de maintenir la représentativité du microbiote de l’individu.

 

  • Etape 2 : pesée et dilution des fèces avec la gamme Pipet&Roll et DiluFlow :

La pesée et la dilution de l’échantillon se fait directement dans le sac Pipet&Roll installé sur le dilueur gravimétrique DiluFlow. Ces équipements permettent ainsi la précision et la répétabilité de la préparation tout en évitant les contaminations croisées.

 

  • Etape 3 : malaxage de l’échantillon avec la gamme BagMixer :

Le sac contenant l’échantillon solide est directement transféré du DiluFlow vers le malaxeur à pales BagMixer ce qui évite tout contact des fèces avec l’équipement et l’opérateur. Le malaxage permet l’homogénéisation de l’échantillon et l’extraction des microorganismes constituant le microbiote des fèces. La suspension ainsi obtenue est prête pour les analyses microbiologiques (ensemencement sur boîtes de Petri, PCR, HPLC…).

 

Ceci n’est qu’une application parmi tant d’autres des sachets malaxeur. Cela permet également de réduire la volumétrie des déchets en passant sur des solutions en sachet plutôt qu’en flacons.

Consulter LABELIANS afin de découvrir ou tester cette gamme selon votre besoin.